Napoleón estuvo menos de tres semanas en Chamartín. Fueron días de gran importancia para la historia. En su gabinete de Chamartín escribió sus Siete Decretos con los que, entre otras leyes, abolió el antiguo Régimen, desterrando las instituciones feudales y suprimiendo la Inquisición. Una estancia novelada por Benito Pérez Galdós en uno de sus famosos Episodios Nacionales, titulado “Napoleón en Chamartín”.
El 2 de diciembre de 1808 Napoleón entra en Madrid con una espesa niebla y habiendo vencido en la batalla de Guadarrama. Después de la derrota de las tropas francesas en Bailén, el emperador no quería más errores y asumió personalmente la dirección de las operaciones viajando a España para someter la ciudad de Madrid y proclamar rey a su hermano José de Bonaparte. Poco pueden hacer los madrileños frente a la superioridad de las tropas imperiales. El ejército francés entra por el norte por lo que sería hoy la Plaza de Castilla donde terminaba la antigua carretera a Francia y acampa en un olivar cercano, tomando como cuartel general una pequeña aldea donde vivían apenas 70 familias: Chamartín de la Rosa.
Napoleón en su primera noche acampa cerca de Quevedo tras su séptimo regimiento de infantería. El bombardeo era constante en Madrid y Napoleón buscaba la rápida capitulación de la Junta de Defensa de Madrid, y así fue. Al día siguiente dirige el ataque en la Fuente Castellana (actual Plaza de Emilio Castelar). La Junta capituló a cambio de conservar la vida y las propiedades en contra del pueblo de Madrid que quería luchar. Momento inmortalizado en el óleo de Carle Vernet que muestra a Napoleón recibiendo a los delegados de la Junta de Defensa de Madrid para rendir la ciudad y a los que reprocha airado su resistencia. La rendición se firmó en la tienda de campaña donde estaba alojado Napoleón, en los alrededores de la actual calle de Bravo Murillo, cerca del metro Estrecho.
A partir del quinto día se fue a vivir a la Quinta de los Duques del Infantado y Pastrana tenían en Chamartín de la Rosa y que ya habían incautado los franceses unos meses antes. En el número cinco de la Plaza del Duque de Pastrana hoy puede contemplarse la placa que recuerda ese momento: «Aquí estuvo El Recuerdo Quinta de los Duques de Pastrana, donde Napoleón Bonaparte se alojó en diciembre de 1808». La finca tenía dos palacios que con el tiempo serían los colegios del Sagrado Corazón y Nuestra Señora del Recuerdo.
En Chamartín el emperador expuso las generalidades de una constitución liberal y con este propósito dictó leyes con las que abolió el derecho feudal y el Tribunal de la Santa Inquisición. Suprimía también dos tercios de los conventos existentes, confiscando sus bienes y usándolos para financiar la administración, el ejército e incluso para indemnizar a los damnificados por la guerra y suprimía todas las aduanas interiores. Siempre bajo la sumisión del imperio francés en los llamados Decretos de Chamartín, reformando de forma radical la administración española.
La reacción de los madrileños a los Decretos de Chamartín, según informó el embajador La Forest, fue de agrado respecto de la supresión de los derechos feudales y de las aduanas interiores e incluso la del Consejo de Castilla, pero la abolición de la Inquisición sólo fue bien acogida por la minoría de ilustrados —los conocidos como los «afrancesados»— y con indiferencia por el pueblo, que sí rechazó la reducción de las órdenes religiosas.
Napoleón sólo salió de Chamartín un día para visitar a su hermano José Bonaparte al Palacio Real. Allí se produjo la célebre frase: “hermano, estás mejor alojado que yo” según cuentan las crónicas de la época. Recorrieron las zonas aledañas hasta su entrada en la Puerta del Sol, donde solo unos pocos madrileños se dieron cita para recibirle con frialdad, silencio y calles vacías. La sociedad madrileña estaba dominada por el miedo y la desconfianza ante la presencia de las tropas francesas, pues, dentro de los españoles, había afrancesados partidarios del régimen bonapartista, a quienes sus vecinos acusaban de traidores.
El día 19 de diciembre de 1808 Napoleón marchó a París dejando a su hermano como regente. Tras pasar varias semanas en Chamartín, Napoleón partió en busca del pequeño ejército británico del general John Moore, que intentaba escapar hacia la costa gallega, sin saber que pocos meses después el pueblo de Madrid se sublevaría en contra de su hermano. Pero eso ya es otra historia.